Rodowód Katedry Zarządzania Transportem sięga początków wyższego szkolnictwa ekonomicznego na Pomorzu Zachodnim (1946 r.). W strukturze szczecińskiej Filii Akademii Handlowej w Poznaniu już w 1957 r. powołano Zakład Organizacji i Techniki Komunikacyjnej, (później nazwany Zakładem Ekonomii i Techniki Transportu), zaś w strukturze Wyższej Szkoły Ekonomicznej w Szczecinie od r.a. 1950/1951 funkcjonowały Katedra Ekonomiki Transportu (prof. Przemysław Małek) oraz Katedra Organizacji i Techniki Transportu (prof. Bolesław Koselnik).
Wraz z kolejnymi zmianami strukturalnymi szkolnictwa wyższego w Szczecinie (od 1955 r. Politechnika Szczecińska, od 1985 r. Uniwersytet Szczeciński), zmieniała się kompozycja i nazwy katedr transportowych oraz rosło ich znaczenie dla rozwoju szczecińskiej szkoły ekonomiki transportu. W strukturze Wydziału Transportu i Łączności US (1990-1999) w połowie lat dziewięćdziesiątych ub. w. funkcjonowało 11 katedr o profilu transportowym: Katedra Ekonomiki Transportu (prof. Waldemar Grzywacz), Katedra Transportu Morskiego i Śródlądowego (prof. Franciszek Gronowski), Katedra Transportu Samochodowego (prof. Hubert Bronk), Katedra Transportu Kolejowego (prof. Paweł Zalewski), Katedra Portów Morskich (prof. Krzysztof Luks), Katedra Techniki i Technologii Transportu (prof. Krzysztof Chwesiuk), Katedra Organizacji i Zarządzania Transportem (prof. Wojciech Bąkowski), Katedra Historii Transportu (prof. Józef Stanielewicz), Katedra Geografii Transportu (prof. Eugeniusz Mazur), Katedra Logistyki (prof. Benon Szałek/ prof. Mariusz Jedliński), Katedra Prawa Transportowego (prof. Władysław Górski). W toku kolejnych reorganizacji Wydziału i zmiany jego nazwy na Wydział Zarządzania i Ekonomiki Usług (1999-2019) dostosowywano strukturę katedr transportowych do nowych wyzwań. W 2001 r. w ramach Instytutu Transportu i Logistyki (2001-2005) powołano Katedrę Systemów i Polityki Transportowej (prof. Elżbieta Załoga), która w kolejnych latach przejęła kadrę naukową Katedry Transportu Samochodowego i Katedry Transportu Kolejowego. Dokonano także przekształcenia innych katedr na Katedrę Historii i Geografii Transportu (prof. Józef Stanielewicz/ prof. Andrzej Mielcarek), Katedrę Gospodarki Światowej i Transportu Morskiego (prof. Henryk Salmonowicz / prof. Jerzy Wronka / prof. Wojciech Drożdż / prof. Michał Pluciński) oraz Zespół Prawa Transportowego i Ubezpieczeń (dr Krzysztof Wesołowski). W wyniku kolejnej reorganizacji WZiEU we wrześniu 2018 roku powołano Katedrę Transportu (prof. Michał Pluciński), powstałą z połączenia Katedry Systemów i Polityki Transportowej oraz Katedry Gospodarki Światowej i Transportu Morskiego. W ramach Katedry rozwinęły się trzy zakłady: Zakład Polityki Transportowej (prof. Elżbieta Załoga), Zakład Systemów Transportowych (prof. Tomasz Kwarciński) oraz Zakład Transportu Morskiego i Lotniczego (prof. Michał Pluciński). Katedra Transportu, obok Katedry Logistyki oraz Katedry Prawa Gospodarczego, Transportowego i Ubezpieczeń funkcjonowała w ramach Wydziału Zarządzania i Ekonomiki Usług Uniwersytetu Szczecińskiego do 30 września 2019 roku.
Od 1 października 2019 roku wskutek zmian w szkolnictwie wyższym w Polsce, ukształtowała się nowa struktura Uniwersytetu Szczecińskiego. Połączono dwa wydziały ekonomiczne (Wydziału Zarządzania i Ekonomiki Usług oraz Wydziału Nauk Ekonomicznych i Zarządzania) w Wydział Ekonomii, Finansów i Zarządzania, a w jego ramach wydzielono trzy instytuty. Kadra naukowa dotychczasowej Katedry Transportu przypisała swoją aktywność do Instytutu Zarządzania. W strukturze Instytutu powołano Katedrę Zarządzania Transportem i powierzono kierownictwo dr hab. Michałowi Plucińskiemu, prof. US. Katedra liczy 14 osób, w tym 5 samodzielnych pracowników nauki.
W ramach prac badawczych Katedry naturalnie wykształciły się dwa zespoły: Zespół Zarządzania Transportem oraz Zespół Turystyki i Hotelarstwa.
Katedra Zarządzania Transportem kontynuuje tradycje szczecińskiej szkoły ekonomiki transportu i stale zapisuje nowe karty w jej historii.